公司登记注册程序包括两种具体程序：一是公司进行的申请登记注册程序，二是公司登记机关对公司进行的核准登记注册程序。法律、行政法规对设立公司规定必须报经审批的，在公司登记前应依法办理审批手续；公司的经营范围中属于法律、行政法规限制的，应当依法经过批准。因此，公司登记注册程序有时包括第三种程序，即设立审批程序或审批程序。
(一)公司申请登记程序
公司申请登记程序是指公司向登记机关申请登记的程序。根据《公司登记管理条例》规定，公司申请登记分为设立登记、变更登记和注销登记三种，登记程序也相应地分为三种（我们此处先介绍"申请设立登记程序"）。申请设立登记程序为：设立公司应当申请名称预先核准。(1)有限责任公司设立登记。设立有限责任公司，应当由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请设立登记。设立国有独资公司，应当由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作为申请人，申请设立登记。法律、行政法规规定设立有限责任公司必须报经审批的，应当自批准之日起90日内向公司登记机关申请设立登记；逾期申请设立登记的，申请人应当报审批机关确认原批准文件的效力或者另行报批。申请设立有限责任公司，应当向公司登记机关提交有关文件和证件。(2)股份有限公司设立登记。设立股份有限公司，董事会应当于创立大会结束后30日内向公司登记机关申请设立登记。申请设立股份有限公司，应当向公司登记机关提交有关文件和证件。
(二)公司登记机关核准登记程序
公司登记机关核准登记程序是指公司登记申请人向公司登记机关提交登记申请，公司登记机关受理申请、审核公司登记文件、直至核准或者驳回申请，核发、换发或者收缴营业执照的工作过程。
1、公司核准登记法定程序
公司登记机关收到申请人提交的全部法定文件后，发给申请人《公司登记受理通知书》，该通知书是在公司登记机关收到申请人提交的符合《公司登记管理条例》规定文件的情况下发给的。按照《公司登记管理条例》的规定，公司登记因登记情况的不同，提交的文件也不同，即按照公司设立登记、变更登记、注销登记、分公司登记的不同要求提交有关文件。公司登记机关自发出《公司登记受理通知书》之日起三十日内作出核准登记或者不予登记的决定，否则，申请人可以依据行政诉讼法的有关规定向人民法院起诉。公司登记核准登记的，应自核准登记之日起十五日内通知申请人，发给、换发或者收缴《企业法人营业执照》或《营业执照》，并办理法定代表人或其授权人签字备案手续。公司登记机关不予登记的，应当自作出决定之日起十五日内通知申请人，发给《公司登记驳回通知书》。公司登记机关发给、换发或者收缴营业执照，或者发给《公司登记驳回通知书》，标志着法定登记程序的结束。
2、公司核准登记工作程序
公司核准登记的工作程序是指由各级公司登记机关根据上级机关的规定和工作实际制定的具体工作规程，一般应包含三个步骤：受理、审查：公司登记机关受理公司登记申请后，由审核人员对申请人提交的登记文件进行审核，并提出具体审核意见；核准：公司登记机关的法定代表人或者授权的人员，根据审核意见，决定核准公司登记或驳回登记申请；发照：公司登记机关根据核准结果，核发营业执照或发出不予核准的通知书，并将有关公司登记材料整理归档。